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B IO L 2 42: P ap er R evie w N am es:_ _ P eyto n, E m ily , A bib a, P h o en ix _ _ A c rit iq ue, b y d efin it io n, i s a n a ct o f c rit ic iz in g: I t i s a c rit ic a l d is c u ssio n/re vie w . C rit iq ues s h o uld e xa m in e a n d e va lu ate t h e w ay i n w hic h a s c ie n tis t s e ts o ut t o s o lv e a p ro ble m a n d i n te gra te h is o r h er f in din gs i n to t h e b o dy o f r e se arc h t h at p re ce d ed t h e w ork . A l it e ra tu re c rit iq ue s h o uld n o t b e e xc e ed in gly l o ng ( a f e w p age s w ill s u ff ic e ). T h e s tu den t s h o uld e va lu ate a n d r e co gn iz e t h e p ro ce sse s i n vo lv e d i n t h e s tu dy, t h e r e se arc h a n aly sis , a n d t h e r e se arc h p ublic a tio n. R em em ber, t h e p urp o se i s o ne o f e va lu atio n, n o t m ere ly d esc rip tio n. E va lu atio n i s t h e a ct o f d ecid in g w hat i s g o od, b ad , o r m ed io cre . I t r e q uir e s t a kin g a d eb ata b le p o sit io n o n t h e w ork y o u r e ad . R ead a n d r e re ad t h e p ap er c a re fu lly w it h i n cre asin g a tt e n tio n t o d eta il e ach t im e. E va lu ate t h e p ap er a s a n e xe rc is e o f t h e s c ie n tif ic m eth o d. I n p artic u la r, c o nsid er t h e f o llo w in g p o in ts : 1 . R ead t h e i n tro ductio n - I d en tif y t h e B IG q uestio n. - W hat a re t h e m ech an is m s t h at c a u se o do r c o din g i n D ro so p hila ( F ru it f lie s) a n te n nas ? - H ow d o es t h e f ly ’s o lf a cto ry s y ste m i n te rp re t ( d eco de) o do rs ? 2 . S u m mariz e ( b ulle t) t h e m ain p o in ts o f t h e i n tro ductio n. ( W hy i s t h is p ro je ct m ean in gfu l) ? ● T h e i s o la tio n o f O r- g e n es a n d t h e f u nctio nal i d en tif ic a tio n o f d is c re te O RN ( o lf a cto ry r e ce p to r n eu ro ns) c la sse s b y p hysio lo gic a l a n aly sis n ow a llo w s a c rit ic a l p ro ble m t o b e e xp lo re d i n D ro so p hila . ● U sin g t h e f u nctio nal a n aly sis t o i n te rp re t t h e e xp re ssio n a n aly sis o f t h e d eve lo pm en ta l c h an ge s i n t h e O r g e n es. ● T h ey w an t t o d ete rm in e w heth er t h e l a b ele d s e n sillia ( w hic h a re t h e h air l ik e e xte n sio ns o ff o f t h e a n te n na) a ll b elo ng t o t h e s a m e m orp ho lo gic a l t y p e o f o lf a cto ry s e n silla ( m akin g s u re t h e f u nctio ns a re l a b ele d c o rre ctly ). ● T h ey w an t t o d ete rm in e t h e d if fe re n ce i n c o nce n tra tio n o f t h e 2 t y p es o f O r g e n e d is tr ib utio n i n t h e c e ll a s a w ho le a n d t h e i n div id ual p ie ce s o f t h e c e ll. ● U sin g e le ctro physio lo gy t o d riv e c e ll d eath g e n e r e ap er ( r p r) i n ste ad o f u sin g e le ctro physio lo gy t o p ro m ote G AL4 c o nstr u cts t o m ake G FP ( g re en s ta in in g p ro te in ). 3 . I d en tif y t h e S P EC IF IC q uestio n. - D oes t h e o do r r e sp o nse s p ectr u m o f a c e ll d ep en d e xclu siv e ly o n i t s r e ce p to r e xp re ssio n o r o n a m ore c o m ple x m ole cu la r c o nte xt? I n o rd er t o t e st t h e h yp o th esis t h at O r2 2a a n d O r2 2b e n co de o do r r e ce p to rs , a n d t o e xa m in e t h e r e la tio nsh ip b etw een O r e xp re ssio n a n d s e n sillu m t y p e, w e s o ugh t t o d ete rm in e a t h ig h r e so lu tio n t h e c e llu la r a n d s u bce llu la r d is tr ib utio n o f t h e O r2 2a a n d O r2 2b p ro te in s. - O do r r e ce p to rs r e act t o m ole cu la r i n fo rm atio n b y s e n din g s ig n als t h ro ugh t h e n eu ro ns t o c re ate a b ette r f u nctio nal m ap o f t h e f ly ’s o lf a cto ry s y ste m . - S tu dyin g i n div id ual o do r r e ce p to rs ( O r2 2a a n d O r2 2b ) , t h e i n te ra ctio n w it h t h e s p ecif ic n eu ro ns o n t h e a n te n na, a n d t h e s p ecif ic o do rs t h e f ly ’s o lf a cto ry s y ste m r e sp o nded t o t h e s tim uli. - I s O r2 2b e xp re sse d i n t h e w ild -t y p e a n te n na? 4 . W hat t y p e o f e xp erim en ta l d esig n (s ) a re t h ey u sin g? - F u nctio nal a n aly sis o f t h e O r g e n es - D ouble -la b elin g e xp erim en ts - P hysic a l r e sp o nse s f r o m t h e f lie s o lf a cto ry n eu ro ns u sin g e le ctr ic it y . 5 . R ead t h e m eth o ds s e ctio n. F o r e ach e xp erim en t: a . I V ( m easu re d o r m an ip ula te d ) i . I f m easu re d : s e xu al d im orp his m & o do r s tim uli 1 . A re t h ere o th er w ays t o m easu re t h is ? - O bse rv a tio n o f w ild a n d m uta n t f lie s' p re fe re n ce t o w ard s o do rs . - L a b elin g m ale s a n d f e m ale s a n d o bse rv in g t h eir p re fe re n ce s. 2 . W hat o th er t h in gs m ig h t c o rre la te w it h t h is m easu re m en t? - F lie s c o uld h ave p re fe re n ce s f o r c e rta in o do rs i i. I f m an ip ula te d - G en etic s 1 . W hat o th er t h in gs m ig h t t h is m an ip ula tio n i m pact? - T h e g e n e f o r t h e O R 2 2a/b w as d ele te d . 2 . A re t h ere o th er w ays t o m an ip ula te t h is v a ria b le ? - E le ctro physio lo gic a l i n put b . D V- m easu rin g t h e r e sp o nse o f t h e O r n eu ro ns . i . A re t h ere o th er w ays t o m easu re t h is ? - N otin g t h at t h e i n te n sit y o f t h e r e sp o nse o n t h e o lf a cto ry n eu ro ns m ay c h an ge d ep en din g o n t h e s tim uli o f o do r. i i. I s t h is a n o bje ctiv e m easu re ? C an t h e p ro ce ss o f m easu rin g b e p ro ble m atic ? - S o m e s p ecif ic i n div id uals m ay h ave d if fe re n ce s i n r e su lt s . - I n div id uals m ig h t r e act s lig h tly d if fe re n tly t o o do r s tim uli c o m pare d t o a n o th er. c . S u bje ct p o ol - F ru it f lie s t h at w ere w ild -t y p e a n d m uta n t f lie s w it h t h e d ele tio n o f t h e O r2 2a a n d O r2 2b ( O lf a cto ry r e ce p to rs ). - M ale a n d f e m ale f r u it f lie s a s s u bje ct g ro ups. d . S a m ple s iz e - S a m ple s iz e w as n o t s p ecif ie d . e . C ondit io ns - N o i n fo rm atio n o n w here o r h ow f lie s w ere c o nta in ed . - H ead s o f F ru it f lie s w it h a n te n nae a tt a ch ed w ere f r o ze n - 1 80 c e ls iu s. f . P la n ned a n aly sis - D ro so p hila S to ck s - O r2 2 a a n d O r2 2 b a b se n ce w ere d ete rm in ed b y g e n o m ic P CR a n aly sis ( f iv e O r2 2 a /b p rim er c o m bin atio ns) i n h alo f lie s. - T h e l a ck o f O r2 2 a /b r e m ove d o th er g e n es i n clu din g p ro te in s. - T ra n sg e n ic c o nstr u cts w ere p ut i n to w 1118, t w o l in es w ere t e ste d f o r e ach t ra n sg e n e. - I m muno his to ch em is tr y - R ese arc h ers u se d r a b bit r a is e d a n ti- 2 2a/b a n tib o die s, o r a n ti G FP a n tib o die s, w hic h w ere u se d f o r t h e e xp erim en t. B ra in t is su e s a m ple s w ere i n cu bate d a s a n tib o die s w ere d ilu te d i n P TX . T h ese t is su e m ounts w ere t h en u se d f o r i m agin g a n d t o s tu dy g lo m eru la r a n te n na s tr u ctu re s. - I m muno ele ctro n M ic ro sc o py - H ead s o f D ro p hilla w it h a n te n na w ere f r o ze n t o - 1 80 d egre es c e ls iu s b y p ro pan e a n d w arm ed t o - 3 0 d egre es c e ls iu s v ia a ce to ne. - T h e s p ecim en s w ere i n va d ed w it h L o w ic ry l K 4M a n d p o ly m eriz a tio n b y U V i r ra d ia tio n. - S p ecim en s a m ple s c o lle cte d f o rm va r f ilm s. T h e p rim ary a n tib o dy i s d ilu te d t o 1 :5 - 1 :3 0 a n d t h e s e co ndary 1 :2 0. - P arts w ere s ta in ed i n 2 % u ra n yl a ce ta te t h en v ie w ed b y a Z e is s E M 10 e le ctro n M ic ro sc o pe. - C o nstr u ctio n o f T ra n sg e n es - P CR a m plif ic a tio n: u sin g s p ecif ic p rim ers t h ey w ere a b le t o g e n era te 2 2a-G AL4 a n d 2 2b -G AL4 c o nstr u cts . T h is c re ate d a D N A o r R N A f r a gm en t t h at c o nta in s a p ro m ote r, c o din g s e q uen ce , a n d s to p s e q uen ce . - T h ey c lo ned t h e D N A o r R N A f r a gm en ts i n to a v e cto r ( p N m yc-U SA T v e cto r), w hic h p ro vid es e sse n tia l r e p lic a tio n a n d m ain te n an ce p ro to co l. - R estr ic tiv e e n zy m es a re t h en u se d t o s p lic e t h e v e cto r t o i m pla n t t h e t ra n sg e n e f r a gm en t i n to t h e v e sic le . - T h e v e cto r a n d t h e t ra n sg e n e f r a gm en t p ro duce d b y t h e P CR a m plif ic a tio n l ig a te t o ge th er t o f o rm t h e t ra n sg e n e c o nstr u ct. - T h e s e q uen ce s w ere c o nfir m ed f o r i t s a ccu ra cy a n d p re cis io n. - E le ctro physio lo gy - A ctio n p o te n tia ls o f O RN s i n a s e n siliu m w ere r e co rd ed b y e le ctro des. I t i s c o nnecte d b y a s e n siliu m w all a n d l y m ph b ath d en drit e s. - R eco rd in gs w ere a n aly ze d , o nly t ra ce s i n w hic h t h e a ctiv it y o f t h e d if fe re n t n eu ro ns i n a s e n siliu m c o uld b e s e p ara te d o n t h e b asis o f i m puls e a m plit u de w ere u se d i n t h e d ata s e t. - R esp o nse s f r o m n eu ro ns w ere q uan tif ie d b y c o untin g t h e n um ber o f i m puls e s d urin g 0 .5 s s tim ulu s p erio d. - T o a p ply f o od o do r, a p ie ce o f f r u it w ette d w it h a s u sp en sio n o f b ake r's y e ast i n w arm w ate r w as p la ce d i n a p aste u r p ip ette a n d p re se n te d t o g iv e a 0 .5 s p uls e . - E a ch r e co rd in g w as t a ke n f r o m d if fe re n t s e n siliu m . - C ell A bla tio n - D if fe re n t f ly g e n es w ere c ro sse d w it h U AS-r p r f lie s t o m easu re a ctiv it y o f t h e r p r g e n e a n d t h e n um ber o f G FP -e xp re ssin g s e n silla . g . A ny e th ic a l c o nce rn s a b o ut t h e p ro ce d ure s? - T re atm en t o f c a p tiv e f r u it f lie s. - T re atm en t o f a n im als l ik e r a b bit , m ic e , a n d g o ats f o r a n tib o dy c o lle ctio n o utlin ed i n “ Im muno his to ch em is tr y ” 6 . R esu lt s s e ctio n: a . S ta tis tic a l c o nclu sio ns - P -v a lu e < 0 .0 001 :

s tr in ge n t - S ta tis tic s w ere o nly u se d w hen m easu rin g t h e d if fe re n ce i n m orp ho lo gic a l a n d f u nctio nal c la sse s o f t h e L a rg e B asic o nic S e n silla T y p es f o r m ale a n d f e m ale f r u it f lie s. - S ta n dard d evia tio n h ad l o w v a ria tio n.

- F e m ale s w ere s e n sit iv e t o w ard s t h e a n ti- 2 2a/b -p o sit iv e ( r a n gin g f r o m 2 9±2 (n =1 3)) v e rs u s m ale s m easu rin g a t 1 8± 2 ( n =1 0). - T h is t e st d ete rm in ed t h at m ale a n d f e m ale f r u it f lie s h ave d if fe re n t c o nce n tra tio ns o f s e n silla . F e m ale f r u it f lie s h ad a l im it e d r a n ge o f s e n silla t y p es, b ut o ne t y p e w as a t a h ig h er c o nce n tra tio n t h an i n m ale f r u it f lie s. b . H ow a re t h ese e xp re sse d g ra p hic a lly ? - T a b le 1 . T h e q uan tit a tiv e d ata r e p re se n ts t h e m ean ( a ve ra ge ) c o unt o f s e n sillu m t y p es i n b o th m ale a n d f e m ale f lie s. T h e s ta n dard d evia tio n w as 2 , w hic h p ro vid es i n fo rm atio n a b o ut v a ria tio n o f d ata p lo ts . T h e s ta n dard d evia tio n i s r e p re se n tin g t w o i n div id ual f lie s, t h is s ig n als l o w v a ria tio n f r o m t h e a ve ra ge . T o c la rif y , t h e d ata i s c o nsis te n t w hen c o m parin g m ale a n d f e m ale f r u it f lie s. T h e f in din gs e xp la in t h at t h ere i s a d if fe re n ce i n l a rg e b asic o nic s e n silla c o unts b ase d o n s e x. c . D o t h eir r e su lt s c o rre sp o nd t o t h eir q uestio ns? - F o r t a b le 1 . T h e r e su lt s d id c o rre sp o nd w it h t h eir q uestio ns, t h ere i s a d if fe re n ce b etw een t h e q uan tit y o f l a rg e b asic o nic s e n silla t y p es b etw een m ale a n d f e m ale f r u it f lie s. T h e s ta n dard d evia tio n w as l o w w hic h i n dic a te s t h at t h e d ata se t w as c o in cid en ta lly n ear t h e m ean . d . A re t h ere a n y s ta tis tic a l “ re d f la gs” ? - U ncle ar e xp la n atio n o f s ta tis tic s i n e xp erim en t. - L im it e d s ta tis tic a l a n aly sis w as u se d t o q uan tif y d if fe re n ce s i n c la sse s o f b asic o nic s e n sillu m . 7 . C onclu sio ns: a . D o t h ey c le arly s ta te t h eir f in din gs? - Y e s, b ut n o t e asy t o f in d o r i n te rp re t i n t h e p ap er. b . D o y o u a gre e w it h t h eir c o nclu sio ns? - T h e c o nclu sio ns t o d if fe re n t e xp erim en ts w ere m ix e d i n t h e p ap er a n d d is c u ssio n, a n d n o t e asy t o r e ad o r f in d, n o r w ere t h ey s p ecif ic a lly s ta te d i n a c o nclu sio ns s e ctio n. A ddit io nally , t h e w ork w as s o i n d ep th a n d m an y d if fe re n t e xp erim en ts w ere c o nducte d , m akin g i t d if fic u lt t o i n te rp re t t h e r e su lt s a n d c o nclu sio ns. - T h e c o nclu sio n w as s o und, a n d w e a gre e w it h t h eir f in din gs. c . W hat l im it a tio ns a re t h ere t o t h e R O A? - O nly t h e f lie s i n t h e l a b ; s o m e g e n etic a lly m uta te d a n d w ild -t y p e. - N o o th er s p ecie s o f f ly . - T h e e xte rn al v a lid it y o f t h ese e xp erim en ts i s m in im al b eca u se t h e r e se arc h w as s p ecif ic t o t h eir f r u it f lie s i n t h eir l a b t h at t h ey r a is e d f o r s c ie n ce b eca u se t h e f lie s w ere 5 - t o 1 5-d ay-o ld . d . C ould s o m eth in g o th er t h an w hat t h ey p ro po se r e su lt i n t h e s a m e s o rt o f d ata ? - M ore e xp erim en ts w it h d if fe re n t s p ecie s o f f r u it f lie s o r i n ve rte b ra te s m ig h t y ie ld s im ila r r e su lt s , o r a n im als w it h u nkn ow n o r l e sse r k n ow n o do r r e ce p to r c h ara cte ris tic s. e . W hat w eakn esse s c a n y o u i d en tif y ?

- T h e e xp erim en ta l p ro ce d ure w it h t h e s p ecif ic s o f t h e m eth o do lo gy w as p la ce d a t t h e e n d o f t h e p ap er; t h is m ad e t h e m ate ria l h ard er t o d ig e st b eca u se a s a r e ad er w e d id n o t k n ow h ow t h ey w ere e n din g u p w it h t h e r e su lt s r e co rd ed . - R esu lt s a re n o t s e p ara te ly d is c u sse d , r a th er i n clu ded i n p ara gra p hs t h at d esc rib e w hat t h e r e se arc h ers w ere t e stin g. T h is m ad e i t d if fic u lt t o s e e s p ecif ic r e su lt s a n d m easu re s. - F ig u re s w ere h ard t o f o llo w , s o m e o f t h e l e ge n ds f o r t h e g ra p hs w ere f o und o n a d if fe re n t p age w hic h c a u se d c o nfu sio n. - A l o t o f i n fo rm atio n w as d if fic u lt t o d is se ct, a s a r e ad er w e d o n o t k n ow t h e t o pic t h at i s b ein g d is c u sse d . T h e d o cu m en t n eed ed t o b rid ge t h e g a p o f a ca d em ic l a n gu age a n d l a ym en t e rm s o r s im ple d efin it io ns t o g e ar u p t h e r e ad er t o g ra sp t h e c o nce p t. - S o m e o f t h e f ig u re s w ere w eir d ly p la ce d . F o r e xa m ple , F ig u re 1 w as o n t h e t o p o f a p age i n b etw een t h e i n tro ductio n. T h e o ve ra ll l a yo ut o f t h e p ap er w as a w kw ard ly d o ne. - U nders ta n dab ly t h e l a n gu age i s d if fic u lt t o u nders ta n d i n s o m e p arts , s o i t c o uld b e s lig h tly m ore c o ncis e a n d e asie r t o c o m pre h en d. - T h ere w as n o d is c u ssio n a b o ut h ow o r w here t h e f lie s w ere k e p t, o r w hat r e se arc h ers d id t o c a re f o r t h e f lie s d urin g t h e e xp erim en ts . T h is m ad e i t h ard er t o u nders ta n d s a m plin g s iz e a n d c o ndit io ns, c a u sin g c o nce rn s a b o ut t h e e th ic s o f u sin g t h e f lie s a n d g e n etic a lly m odif y in g t h e f lie s. f . W hat d id t h is w ork d o w ell? - I m age s t h em se lv e s w ere c le ar, w e k n ew w hat t h ey w ere m easu rin g a n d t h e r e su lt s f r o m t h e m an ip ula tio n o r c h an ge . - T h e s tu dy h ad h ead in gs t h at s e p ara te d d if fe re n t p arts o f t h e r e su lt s a n d d is c u ssio n w hic h m ad e s e p ara tin g t h e d if fe re n t e xp erim en ts e asie r t o u nders ta n d. - T h e e xp erim en ts a n d r e se arc h w as v e ry t h o ro ugh a n d d eta il s p ecif ic . g . W hat d o w e k n ow n ow t h at w e d id n’t b efo re t h is t e st? - N o f u nctio n o f O r2 2b ( p o te n tia lly l o st o ve r e vo lu tio nary t im e) - a b 3A n eu ro n d o esn ’t u se n o rm al o do r r e ce p to r g e n e e xp re ssio n - M ale s a n d f e m ale s m ay h ave d if fe re n t p re fe re n ce s f o r c e rta in o do rs . - O r2 2a m ap s t o t h e a b 3A n eu ro n a n d r e sp o nds i n te n se ly t o t h e o do r o f e th yl b uty ra te . h . W hat d o w e n eed t o k n ow n ow ? - T h e s tu dy w as c o nducte d i n 2 003, o ve r t w en ty y e ars l a te r t h ere m ay b e m ore r e se arc h t h at c o uld b e l o oke d i n to t o a id i n m ore s u ppo rte d e vid en ce .T h e R O A i s l im it e d t o f r u it f lie s i n t h is e xp erim en t, t h ere c o uld b e m ore t y p es o f i n se cts t h at c o uld b e t e ste d i n r e ga rd s t o t h eir o lf a cto ry s y ste m .